仕事用の Heroku アカウントで二段階認証を有効にしたら、 heroku
コマンドでログインし直すときに Two-factor code を入力しても Authentication failed. エラーがでてログインに失敗するようになった。
これと同じ状況で、 WARNING メッセージも同じものが表示される。
Issue コメントに書いてあるように、 Heroku 自身が fork した heroku-accounts プラグインをインストールしなおせば直る。
$ heroku plugins:install https://github.com/heroku/heroku-accounts.git
で上書きインストールするだけで ok.