あらすじ: iPhone のストレージ容量がおかしくなった - @kyanny's blog
iPhone を初期化→ iCloud バックアップから復元、で、再び SD カードから写真を取り込めるようになった。初期化することでストレージ内の写真ファイル実体が消え、 iCloud 経由でサムネイルだけ表示する状態になったからだろう（写真を拡大表示したりするとオリジナルが自動的にダウンロードされる）。あわせて統計情報もリセットされた模様。 Mac に繋いだ場合も、同期前後でストレージ容量のズレは発生しなかった。
なお、同期中に「アートワークを同期中 項目がコピーされるのを待っています」という表示のまま終わらない事態に陥ったが、ケーブルを抜いて iPhone を再起動後に接続、同期したらすぐ終わるようになった。
iPhone 初期化→ iCloud バックアップから復元するときも、どのタイミングでバックアップをとるかで苦戦した。
設定→ Apple ID → iCloud → iCloud バックアップ から手動でバックアップを取得できる。今回の場合、これは数分で終わった。
設定→一般→リセット→すべてのコンテンツと設定を消去 から iPhone を初期化する途中でも、 iCloud バックアップの取得を促される。今回の場合、ここで「項目をicloudにアップロード中 残り1分」の表示のまま進まなくなってしまった。一時間以上放置したが終わらなかった。
結局、手動バックアップを信じることにして、初期化途中でのバックアップ取得はキャンセルした。その後 iCloud バックアップから復元を実施したところ、無事に復元できた。
復元後は、 Face ID がリセットされたのに伴い、 Face ID ログインを設定していたアプリ（銀行系とか）の再設定が必要だったくらいで、他は特にトラブルなく使い始められた。
三菱 UFJ 銀行アプリは、起動すると「アプリの起動に失敗しました」というダイアログが出たが、 ID・パスワードでログイン後に Face ID の設定をすることで問題なく利用できた。ワンタイムパスワードも再設定が必要だった。 Face ID ログインを再設定する前に、登録済みの生体認証（Face ID）の情報を削除するステップが必要だった。これもアプリ内から行えた。
初期化復元後に SD カードから写真を取り込んだあと、 iPhone ストレージ容量を確認したら「写真」の使用量がちゃんと増えていた。どういうタイミングで統計情報がずれるのか不明だが、 OS アップデートとかが関係していそうな気もする。
iCloud 写真が、取り込んで iCloud にアップロード済みのストレージ内写真の実体を削除してくれない限り、今後も取り込みを続けてしばらく経ったらストレージ容量を減らすために定期的に初期化→復元を繰り返さなくてはいけないということだ。面倒くさいが、ストレージ空き容量の心もとない MacBook Air に取り込んで夜中に Google フォトにアップロードさせる昔のやり方よりずっとスマートなので、多少の手間は仕方ないと割り切って続けるしかない。 iCloud と二重バックアップもできるし、何より初期化→ iCloud バックアップから復元の手順がスムーズに行えることが経験できたのは収穫だった。
