かつては External Tools として設定するものだったようだが、現在は File Watchers に登録するのが良さそう。
PyCharmでpep8とpyflakesのチェックをかける方法 - 雑多なメモ置き場
pycharmからflake8を実行する - 雑多なメモ置き場
設定内容は以下の gist の通り。 flake8 のオプション ( --ignore E501 とか) はお好みで。
Flake8 integrated with PyCharm · GitHub
これでエディタに警告が出て F2 で順番に確認できるようになるが、エラーメッセージが "Empty message" になってしまう。 File Watchers の設定を調整するとエラーメッセージがちゃんとエディタにも出てくる。
Show output from File Watchers in code editor – IDEs Support (IntelliJ Platform) | JetBrains
$FILE_PATH$:$LINE$ $MESSAGE$
最終的な設定内容はこんな感じ。